Après la guerre de 1936, la Biscaye et le Guipúzcoa sont déclarés « provinces traîtres » car ils sont restés loyaux à la IIe République. Le 23 juin 1937, quatre jours après la prise de Bilbao par les troupes fascistes, Franco a abrogé l’accord économique (« Concierto Económico ») dans les deux territoires. Outre le recouvrement de l’impôt, ils ont perdu la gestion de services comme les routes et les écoles. En 1936, environ 1 000 personnes travaillaient au sein des Diputaciones Forales ; en 1939, à la suite d’un processus d’épuration, elles n’atteignaient pas 350. En pourcentage, le nombre d’assassinats commis par le régime franquiste au Pays Basque était supérieur à celui enregistré dans des pays comme l’Afrique du Sud, l’Argentine, la Bolivie ou le Chili. En Navarre, il a supprimé 1,13 % de la population par des exécutions ou disparitions forcées. Par exemple, Sartaguda est surnommé le « village des veuves » car plus de 15 % des hommes ont été tués. À Larraga, un petit village près de Sartaguda, les phalangistes ont assassiné, aux côtés de son père, la fillette Maravillas Lamberto, après l’avoir violée à plusieurs reprises, pour finir par jeter son corps nu aux chiens. Son père était Vicente Lamberto, un militant socialiste. Ces assassinats sont rappelés comme exemple d’un des visages les plus cruels de la barbarie de l’État espagnol.

En 1936, l’armée basque ou Eusko Gudarostea est créée, et, d’août 1936 à juillet 1937, elle a combattu contre les troupes de Franco sur le front du Nord. Après l’occupation du Pays basque espagnol par les troupes franquistes, certains dirigeants du gouvernement basque ont fui à Barcelone où ils ont, avec la collaboration du président Lluis Companys, formé une sorte de gouvernement en exil. Au début de 1939, après la chute de Barcelone et la défaite républicaine, le lehendakari Agirre part en exil avec son gouvernement.