Tras la guerra del 36, Bizkaia y Gipuzkoa fueron declaradas “provincias traidoras”, por haberse mantenido leales a la II República. El 23 de junio de 1937, cuatro días después de la toma de Bilbo por las tropas fascistas, Franco derogó el Concierto Económico en ambos territorios. Además de la recaudación de impuestos, también se perdió la gestión de servicios como carreteras y escuelas. En 1936 trabajaban en las Diputaciones Forales unas 1.000 personas; en 1939, como consecuencia de un proceso de depuración, no llegaban a 350. Porcentualmente, el número de asesinatos cometidos por el régimen franquista en Euskal Herria fue superior al de los registrados en países como Sudáfrica, Argentina, Bolivia o Chile. En Nafarroa Garaia eliminó al 1,13% de la población, mediante fusilamientos o desapariciones forzadas. A Sartaguda, por ejemplo, se le llama el “pueblo de las viudas”, porque más del 15% de los hombres fueron asesinados. En Larraga, un pequeño pueblo próximo a Sartaguda, los falangistas asesinaron, junto con su padre, a la niña Maravillas Lamberto, tras violarla repetidamente, para acabar arrojando su cuerpo desnudo a los perros. Su padre era Vicente Lamberto, militante socialista. Esos asesinatos se recuerdan como ejemplo de una de las caras más crueles de la barbarie del Estado español.

En 1936 se creó el Ejército Vasco o Eusko Gudarostea, que desde agosto de 1936 hasta julio de 1937 luchó contra las tropas de Franco en el frente del Norte. Tras la ocupación de Hego Euskal Herria por las tropas franquistas, algunos líderes del Gobierno Vasco huyeron a Barcelona, donde, con la colaboración del presidente Lluis Companys, formaron una especie de Gobierno en el exilio. A comienzos de 1939, tras la caída de Barcelona y la derrota republicana, el lehendakari Agirre marchó al exilio junto con su Gobierno.